密封生态瓶的原理是生态瓶中的小石为微生物提供藏身处免被小鱼所吃，为细菌提供生长地方，让细菌能作为分解者分解生态系统之中的废物。生态瓶是一个密封的生态系统，就像地球一样，生态瓶中的小石代表地球的土地，有约三分二的水及三分一的空气，生命为鱼、藻、细菌，能量来源是阳光。