1、概念不同：自由组合是指基因型相同的生物个体交配，植物指自花受粉和雌雄异花的同株受粉，动物指基因型相同的雌雄个体间交配。而自由交配是指群体中的个体随机进行交配，基因型相同和不同的个体之间都要进行交配。植物和动物都包括自交和杂交，只是动物仍然是在雌雄个体之间进行。

2、交配组合种类不同：自由组合中有基因型AA、Aa、aa的个体，自交方式有AA和AA、Aa和Aa、aa和aa三种交配方式。而自由交配方式除上述三种交配方式外，还有AA和Aa、AA和aa、Aa和aa共六种交配方式。